Selçuklu’dan Osmanlı’ya uzanan süreçte Honaz, Sahip Ataoğulları, Germiyanoğulları ve İnançoğulları idaresinde kalmıştır. Osmanlı egemenliğine 1390 yılında Yıldırım Bayezid zamanında girmiştir. Ankara Savaşı’ndan sonra Timur Devleti’nin 1403-1429 yılları arasındaki hakimiyetinden sonra, ikinci defa ve nihaî olarak II. Murad tarafından 1429 yılında Osmanlı idaresine alınmıştır. Honaz, Osmanlı döneminde Denizli (Tonguzlu)’ye bağlı idarî bir birim olarak askerî ve iktisadî önemini devam ettirmiştir. Evliya Çelebi, seyahatnamesinde Honaz’ın 17. yüzyıldaki durumuna ışık tutacak kıymetli bilgiler vermektedir. Buna göre Honaz, Denizli sınırları içinde yüz elli akçeli bir kazadır. Honaz dağının burnunda, beşgen şeklinde, taştan yapılmış eski bir kalesi vardır. Bu kale metin bir kale olup alınması oldukça güç bir konuma sahiptir. Kale, batı yönündeki kapısı vasıtasıyla dışa açılır. Sahip olduğu hâkim konum, Denizli’yi görecek şekildedir. Kale içinde taş yapılı, toprak damlı dört yüz ev mevcuttur. Kalede ayrıca eski bir cami, iki zâviye, bir okul ve kadı mahkemesi vardır. Kale içinde sadece Müslümanlar yaşamaktaydı. Gayrimüslimler kale içinde bulunmadığı gibi, kaleye girişleri de yasaktı. Şehirdeki Gayrimüslimler, kale dışında aşağı şehirde yaşarlardı.
Şehrin güvenliğini kaledeki dizdâr, 20 asker ve serdar sağlardı. Kaleden inildiğinde bin adımlık mesafedeki aşağı şehirde 200 hane Müslim ve Gayrimüslim nüfus yaşamaktaydı. Aşağı şehirdeki mahallelerden ikisi Müslüman mahallesi idi. Burada bir câmi, bir mescit, bir hamam, bir hân ve bir kaç dükkân bulunmaktaydı. Menderes’i besleyen akarsulardan Akgözpınarı’nın başındaki tabakhane ile akarsu üzerindeki un değirmenleri şehrin iktisadî hayatına can vermekteydi. Bunu değirmenlerden ovaya doğru uzayıp giden bağ, bahçe ve bostanlar tamamlamaktaydı.